Synchytrium endobioticum викликає хворобу картопляної бородавки. Synchytrium endobioticum є облігатним паразитом, який утворює не гіфи, а спорангії, які містять рухливі зооспори. Літні спорангії тонкостінні і недовговічні. Вони утворюються в тканинах картоплі і дають початок новим зооспоровим інфекціям. Спори, що спочивають (іноді їх також називають зимовими спорангіями, зимовими спорами, сорусами спокою або зимовими сорусами) мають товсті стінки і залишаються життєздатними протягом надзвичайно тривалих періодів часу навіть за відсутності господаря. Їх можна виробляти протягом вегетаційного періоду. Вони звільняються від бородавок, що розкладаються, у ґрунт. Діагностика S. endobioticum стосується як рослини, на якій могли утворитися бородавки, так і ґрунту, який може
несуть спочиваючі суперечки.
Численні патотипи (раси) описані в S. endobioticum Вони визначаються їхньою вірулентністю на різних сортах картоплі. Патотип 1(D1) зараз рідко повідомляється про зараження картоплі в Європі, оскільки мало сортів картоплі чутливі до нього, очевидно, через наявність домінантної резистентності у хазяїна. Інші патотипи зараз частіше зустрічаються в Західній Європі, зокрема в дощових гірських районах Центральної та Східної Європи. Вони також зустрічаються за межами Європи (наприклад, на Ньюфаундленді, Канада та в азійській частині Туреччини). Резистентність до цих патотипів є рідкісною, тому контроль є складнішим. Патотипи, відмінні від 1(D1), розрізняються за диференційованою вірулентністю до певних сортів картоплі, але в іншому випадку, здається, більш тісно пов'язані один з одним, ніж з патотипом 1(D1). Внутрішні заходи, рекомендовані в EPPO країни вимагають ідентифікації патотипів.
Ідентичність літніх спорангіїв або спочиваючих спор, спостережених під мікроскопом, можна підтвердити за допомогою звичайної ПЛР,
та ПЛР у реальному часі. Традиційна ПЛР базується на внутрішньому транскрибованому спейсері рибосомальної області ДНК (ITS) з відпалом прямого праймера до ITS1 і зворотного праймера до ITS2. ПЛР у реальному часі van Gent-Pelzer et al. (2010) базується на ITS2. ПЛР у реальному часі Smith et al. (2014), яка описана тут, базується на малих рибосомних субодиницях (SSU).
ДНК (18S рДНК). ПЛР у реальному часі, розроблена Bonants та ін. (2015) базується на асоційованому з патотипом 1(D1) однонуклеотидному поліморфізмі (SNP), ідентифікованому за допомогою аналізу зменшення складності поліморфних послідовностей (CRoPS). При використанні матеріалу картопляних бородавок для моніторингу ефективності виділення ДНК використовується внутрішній позитивний контроль ізоляції, спрямований на ген ЦОГ рослини. Патотип 1 (D1) можна відрізнити принаймні від патотипів 2 (G1), 6 (O1) і 18 (T1) за допомогою ПЛР у реальному часі.
Посилання: PM 7/28 (2) Synchytrium endobioticum. EPPO Бюлетень, 47: 420–440. https://doi.org/10.1111/epp.12441
